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使用者需於中央研究院之預算管理系統設有帳號，使用費於每年四、七、十月，透過轉賬機制收取。
如有未付清之使用費，將暫時停止該團隊之使用權直到付清，且管理者得要求使用者預繳與前期相同金額之使用費，方恢復其使用權。
儀器僅供合格使用者，於開放時段內自行操作，且無技術員可提供委託服務。合格使用者可自行訓練新進人員，並經管理人員考核通過後，成為合格使用者。
如需要管理人員進行操作訓練，相關時段之使用費以二倍計收。
如有違規或不當操作造成儀器損壞，使用者除需照價賠償以便修復外，並需支付停機維修期間所有開放時段之使用費。
中研院院內使用者得有七折優惠，中研院奈米計劃使用者得有五折優惠，應科中心使用者得有三折優惠。
不得使用毒性化學物質（不論是否列管），或具有揮發性、放射性、爆炸性、生物活性等物質，管理人員得依個別儀器特性，拒絕其他（包含，但不受限於）如磁性、粉體等樣品之使用。
若未經許可使用上述物質，該使用者所屬團隊將永久禁止使用。