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民國83年
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83/07/
中央研究院院長李遠哲於第21次院士會議前夕在龍潭召開「中研院促進應用科學座談會」，建議在中研院設立「應用科學中心」
中央研究院第七、八任院長 李遠哲 -
83/12/08
院務會議通過設立「應用科學及工程中心」
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民國87年
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87/03/01
李遠哲院長聘請香港科技大學張立綱院士為籌設規劃案小組召集人，於同年2月至8月返台積極準備籌設之相關事宜並且完成規劃案
香港科技大學學院院士 張立綱 -
87/04/09
院務會議通過設立「應用科學及工程研究中心籌備處」
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87/04/18
評議會通過先設立「應用科學及工程研究所」，待中研院新組織法通過後改為「應用科學研究中心」
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民國88年
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88/01
李遠哲院長聘請美國加州大學蔡振水博士為物理所特聘研究員，返國積極協助「應用科學及工程研究所籌備處」之設立，並主導近、中程研究之推動及興建中心大樓等事務
同年4月後擔任應科籌備處主任(88-92) 蔡振水 -
88/04/01
成立「應用科學及工程研究所籌備處」。李遠哲院長聘請蔡振水博士為應科籌備處主任，地點暫設於物理所舊館四樓
應用科學及工程研究所籌備處看板 
同年6月的「應用科學及工程研究所籌備處」成立儀式及酒會 -
民國89年
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89/12/01
院方聘請中央研究院副院長陳長謙博士代理應用科學及工程研究所籌備處主任
應科籌備處代理主任(89-90) 陳長謙 -
民國90年
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90/02/01
院方聘請資訊科學研究所廖弘源博士代理應用科學及工程研究所籌備處主任
應科籌備處代理主任(90-93) 廖弘源 -
民國93年
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93/01/01
「應用科學及工程研究所籌備處」轉型為「應用科學研究中心」
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93/02/01
院方聘請吳茂昆博士代理應用科學研究中心主任
應科中心代理主任(93) 吳茂昆 -
93/05/20
院方聘請曾志朗博士代理應用科學研究中心主任
應科中心代理主任(93-94) 曾志朗 -
民國94年
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94/06/15
院方聘請張亞中博士為應用科學研究中心主任
應科中心主任(94-101) 張亞中 -
94/07-95/07
陸續成立「奈米科學及奈米生醫科技研究小組」、「力學及工程科學專題中心」、「光電科技專題中心」、「高等計算及電腦模擬及奈米生醫科技研究小組」
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民國101年
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101/04/01
院方聘任蔡定平博士為應用科學研究中心主任
應科中心主任(101-108) 蔡定平 -
民國102年
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102/01/04
本中心組織調整，改組為三個專題中心：「力學及工程科學專題中心」、「綠色科技專題中心」、「生醫科學應用專題中心」
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民國103年
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103/01/01
本中心正式遷入跨領域科技研究大樓
於跨領域科技研究大樓前合影 -
民國108年
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108/02/01
院方聘任果尚志博士為應用科學研究中心主任
應科中心主任(108-111) 果尚志 -
民國109年
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109/09/
成立「菁英博士培育計畫」
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109/07/23
院務會議通過，將「力學及工程科學專題中心」調整為「量子光電專題中心」
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民國110年
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110/09/23
院務會議通過成立「量子電腦專題中心」
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民國112年
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112/01/
院方聘任魏培坤博士為應用科學研究中心主任
應科中心主任(112-) 魏培坤 -
112/07/13
院務會議通過，將「生醫科學應用專題中心」調整為「智慧生物工程專題中心」
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112/08/
各專題中心成員重組
各專題中心成員合影 -
民國113年
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113/01/23
「量子電腦專題中心」轉移至中研院關鍵議題研究中心